所得税の金額が源泉徴収税額表と違います。

PayBookの所得税の計算は、税額表ではなく「電子計算機等を使用して源泉徴収税額を計算する方法を定める財務省告示」に従って計算しています。税務署から送られてくる税額表と約数十円~数百円の誤差が生じる場合がありますが、そのまま進めてしまっても問題ありません。

※ 徴収税額が異なることで、損をしたり得をしたりしませんか?

年末調整によって正しい金額に調整されますから、毎月の徴収税額が異なっても最終的に負担する税額は同じになります。

(年の中途で退職をされた場合や年末調整をしない場合には、個別に確定申告をする必要がありますが、徴収税額が異なっても最終的な負担税額が異なることはありません。)

※ 税額表で計算した過去の給与を登録することはできますか?

自動計算させずにむりやり数値を修正することは可能です。こちらをご参照ください。